nel luogo dove l'imperatore Nerone fece innalzare un Tempio a Diana Cacciatrice, e che, gia' nel periodo etrusco, qui sorgesse un Delubro dedicato a Pico Marzio. La prima notizia relativa alla Basilica ci perviene dai "Dialoghi di Gregorio magno", anche se scarse sono le notizie tratte dai documenti, si puo' ipotizzare, dai numerosi ritrovamenti, che il periodo di massimo splendore della Basilica si ebbe intorno al sec. IX. Durante il IV e V secolo compare il fenomeno della vita eremitica in abitazioni rupestri. La valle Suppentonia che accoglie la Basilica ospito' i primi Anacoreti che introdussero la vita religiosa in occidente. Grazie alle varie bolle papali si puo' ricostruire la storia della Basilica. Le prime notizie risalgono al 1076 con la citazione di Gregorio VII, segue quella di "Bonifacio Abbati S. Heliae Fellerensis".
Innocenzo III annovera la Basilica nel 1211 tra le proprieta' di S. Paolo fuori le mura. Nel 1258 Alessandro IV con una bolla ne decreta il passaggio ai Canonici di S. Pietro in Sassia, i quali, successivamente, aggiunsero la torre campanaria. Nel 1540 Paolo III donava la Basilica al nipote Pier Luigi Farnese, i Canonici ebbero in permuta la tenuta di S. Marinella. Durante il periodo Farnesiano (1540/1649) furono apportate numerose riparazioni tra le quali da ricordare la ricostruzione della parete laterale di sinistra del 1607, conseguente alla caduta di un masso staccatosi dalla parete tufacea della rupe.
Conseguentemente all'apertura della nuova chiesa parrocchiale di S. Antonio Abate e al passaggio della Basilica alla Regia Camera Apostolica inizio' il periodo di decadenza. La situazione di abbandono e di fatiscenza si protrasse fino al 1855 data del crollo del campanile. Sotto il pontificato di Pio IX e per l'interessamento della stessa popolazione l'accademia di archeologia cristiana incarico' l'arch. V. Vespignani del progetto di restauro, che si concluse con la realizzazione del cimitero nell'area dell'ex monastero.
Alla fine del 1960 venne restaurata l'intera superficie, successivamente venne completamente rifatta la copertura della chiesa e realizzato l'attuale pavimento in acciottolata delimitato da reperti archeologici romani. Nel 1994 si restaurarono le superfici scultoree dei portali della facciata. Il restauro consenti' di consolidare il portale principale e di rimuovere lo strato di licheni e muschio ivi formatosi, riportando alla luce le decorazioni scultoree.